Le Conseil Pasteur-Weizmann est dirigé par un Conseil d’administration nommé par une Assemblée Générale, elle-même constituée de donateurs et de personnalités réputées pour leurs compétences administratives, scientifiques ou financières. Il est renouvelable par moitié tous les trois ans et élit son Président parmi ses membres.
Le Conseil d’administration s’appuie pour ses décisions scientifiques sur un Conseil Scientifique constitué de 9 membres : quatre chercheurs de l’Institut Pasteur et quatre chercheurs de l’Institut Weizmann nommés par le Conseil d’Administration sur proposition des Directeurs des deux instituts, et d’un Président nommé par le Conseil d’Administration. Le mandat des huit chercheurs est de six ans, celui du Président de trois ans. Le Conseil est renouvelable par moitié tous les trois ans.
Dans chacun des deux instituts, un comité d’experts est nommé par le directeur ; il a pour tâches :
Le Directeur de chacun des deux instituts nomme un “coordinateur scientifique” chargé de jouer, au sein de son propre institut, le rôle d'”interface” entre les chercheurs, la Direction et le Comité d’experts de son institut d’une part et le Conseil Pasteur-Weizmann (Conseil Scientifique, Conseil d’Administration) d’autre part.